Jenjang Doktor (S3)
Doktor Studi Islam (Dr.)
Program doktoral yang mengkaji pemikiran Islam, peradaban Melayu Islam Sambas, dan dinamika keislaman di kawasan lintas batas negara.
Jenjang Magister (S2)
Magister Pendidikan Agama Islam (M.Pd.)
Mencetak akademisi, peneliti, dan pimpinan lembaga pendidikan Islam yang inovatif dan berkarakter Iman, Adab, dan Ilmu.
Jenjang Magister (S2)
Magister Ekonomi Syariah (M.E.)
Pengembangan keahlian kebijakan ekonomi syariah, keuangan Islam, dan perdagangan lintas batas negara.
Jenjang Magister (S2)
Magister Hukum Tata Negara (M.H.)
Kajian mendalam tata kelola ketatanegaraan, siyasah syar'iyyah, dan regulasi wilayah perbatasan negara.
Pendaftaran Mahasiswa Baru Pascasarjana
Penerimaan mahasiswa baru S2 & S3 dibuka pada jalur reguler dan kerja sama instansi.