Yayasan & Dewan Pertimbangan
Yayasan Akhlakul Karimah Sebubus Paloh Sambas bersama Dewan Pertimbangan mengawal arah strategis dan keberlanjutan universitas.
Senat Universitas & Rektorat
Senat Universitas sebagai badan normatif tertinggi, serta Rektor bersama para Wakil Rektor sebagai pimpinan eksekutif universitas.
5 Fakultas & Sekolah Pascasarjana
Penyelenggara pendidikan tinggi pada 26 program studi jenjang D-III, S1, S2, dan S3.
LPM, LP2M & SPI
Lembaga Penjaminan Mutu, Lembaga Penelitian & Pengabdian kepada Masyarakat, serta Satuan Pengawas Internal.
Biro AUAK & BPASP (BAPA)
Biro Administrasi Umum, Akademik, Kemahasiswaan, Perencanaan, dan Sarana Prasarana.
UPT & Unit Pengembangan Bisnis
PUSDATIN, Perpustakaan, PUSBITLIKA, PUSBA, PUSLATBIMA, PINKUB, serta 6 unit pengembangan bisnis universitas.